何の根拠もないですが、否認したら、すぐにリンク効果がゼロ、ではないと感じますね。
最終的には効果はなくなるかと思いますが、割と長い時間掛かる気がします。
手動ペナルティの場合は、否認リストに掲載というのは「リンクに対して対応しました」というシグナルで、順位(=ページランク)に対しての影響はまた別、と感じます。
手動ペナルティを早く解除するには「否認」
自動ペナルティを早く解除するには「否認」かつ「削除」
という方針でいくと良いんじゃないでしょうか?
自動ペナルティの場合に、否認だけだと、ちょっと時間が掛かるかもしれません。
いずれにせよ、ペナルティ解除には、なるべく早くリンクへの対応が必要かと思います。