何の根拠もないですが、否認したら、すぐにリンク効果がゼロ、ではないと感じますね。

最終的には効果はなくなるかと思いますが、割と長い時間掛かる気がします。

手動ペナルティの場合は、否認リストに掲載というのは「リンクに対して対応しました」というシグナルで、順位（＝ページランク）に対しての影響はまた別、と感じます。

手動ペナルティを早く解除するには「否認」

自動ペナルティを早く解除するには「否認」かつ「削除」

という方針でいくと良いんじゃないでしょうか？

 
自動ペナルティの場合に、否認だけだと、ちょっと時間が掛かるかもしれません。
 
いずれにせよ、ペナルティ解除には、なるべく早くリンクへの対応が必要かと思います。